Se você por exemplo não querer que arquivos .pdf sejam acessados diretamente via URL, por exemplo: http://seusite/file.pdf o que você faz?
Bom se o site estiver sendo fornecido por um servidor Apache e se o mod rewrite estiver habilitado então é só adicionar a seguinte regra no .htaccess
RewriteEngine On RewriteRule \.(pdf)$ - [F]
