Supondo que você esteja desenvolvendo um formulário e resolve usar uma classe CSS para marcar os campos input que estão com problemas, a cada nova submissão você precisa retirar o CSS de erro dos campos input, como fazer isso usando a prototype:
$$('.suaclassedeerro').each(function(node){
node.removeClassName('suaclassedeerro');
});
A função $$ é o seletor dinâmico de elementos através de regras CSS, o retorno dessa função é um vetor, a função each itera sobre todos os elementos de um vetor, para cada node do vetor será aplicada a função javascript removeClassName que remove uma classe de um elemento.
Eu sou defensor da seguinte tese:
– Programar usando qualquer Framework (desde que funcione é claro) é melhor do que programar tudo na unha!
Um abraço e até a próxima.
Anselmo 
Concordo que o uso de frameworks ;e necessário. Eu mesmo uso a prototype em quase todos projetos, já usei a jQuery, Mootools também…
Eu só faço uma ressalva: quem começa a programar em JS deveria fazer algumas coisas na unha, no começo, para entender o conceito (criar elementos, selecionar, percorrer listas, conhecer os atributos e métodos, etc…)
Abraço!
Isso mesmo, concordo contigo, qnd disse programar com framework me refiro a produção de alguma coisa que seja para um cliente por exemplo, durante o aprendizado é fundamental entender como as coisas realmente realmente funcionam.
Obrigado pela contribuição
[]’s Anselmo Battisti